Региональный центр спортивной подготовки сборных команд и спортивного резерва (бывшая Школа высшего спортивного мастерства) – старейшая организация, создана в 1946 году. Сейчас в стенах центра развиваются такие виды спорта как биатлон, бокс, борьба греко-римская, велоспорт, дзюдо, лёгкая атлетика, лыжные гонки, тяжёлая атлетика, фехтование, спортивная гимнастика, стендовая стрельба, кёрлинг и другие.
Старейшей и одной из лучших в России считается школа по фехтованию. Сейчас это государственное автономное учреждение дополнительного образования Новосибирской области "Спортивная школа олимпийского резерва по фехтованию заслуженного тренера РСФСР Бориса Писецкого". Датой рождения считается 1959 год.
Школа по лыжным гонкам, а ныне Государственное автономное учреждение Новосибирской области «Спортивная школа олимпийского резерва по лыжному спорту» была создана в 1967 году.
Центр спортивной подготовки Новосибирской области создан в феврале 2011 года. Основными задачами центра являются: реализация долгосрочных целевых программ развития физической культуры и спорта, организация и проведение официальных областных и межмуниципальных физкультурных и спортивных соревнований на территории Новосибирской области и многие другие. Сейчас эта организация называется Государственное автономное учреждение Новосибирской области «Дирекция спортивных мероприятий».
В 2013 году путем слияния Новосибирского биатлонного комплекса и СДЮШОР по биатлону «Локомотив» появился «Центр по биатлону», который впоследствии стал Государственным автономным учреждением Новосибирской области «Спортивная школа олимпийского резерва по биатлону».
В 2016 году появились две новые организации: ГАУ НСО «Спортивная школа единоборств» и ГАУ НСО «Спортивная школа олимпийского резерва по сноуборду».
В феврале 2017 года согласно Распоряжению правительства Новосибирской области создано Государственное автономное учреждение Новосибирской области «Спортивная школа по каратэ».
В 2018 году появились сразу три новые подведомственные организации: школы по художественной гимнастике и самбо, а также центр подготовки по спортивной гимнастике.
В 2019 году зарегистрированы школа по шахматам, а также Исполнительная дирекция молодежного Чемпионата мира по хоккею 2023 года в городе Новосибирске и «Футбольный клуб «Новосибирск».
В 2019 году путем реорганизации Детский санаторный оздоровительно-спортивный лагерь круглогодичного действия «Олимпиец», который ведет свою историю с 1967 года, был присоединен к Спортивной школе самбо.
В начале 2020 года школа олимпийского резерва по конному спорту была названа именем заслуженного тренера России Игоря Петровича Брайчева.
2020-й стал годом рождения двух новых школ. Распоряжением правительства региона созданы государственные автономные учреждения Новосибирской области «Спортивная школа по хоккею «Сибирь» и «Спортивная школа по волейболу».
Отчеты и государственные задания подведомственных министерству организаций размещены на официальном сайте о государственных (муниципальных) учреждениях.
