Региональный центр спортивной подготовки сборных команд и спортивного резерва (бывшая Школа высшего спортивного мастерства) – старейшая организация, создана в 1946 году. Сейчас в стенах центра развиваются такие виды спорта как биатлон, бокс, борьба греко-римская, велоспорт, дзюдо, лёгкая атлетика, лыжные гонки, тяжёлая атлетика, фехтование, спортивная гимнастика, стендовая стрельба, кёрлинг и другие.

Старейшей и одной из лучших в России считается школа по фехтованию. Сейчас это Государственное автономное учреждение Новосибирской области «Спортивная школа олимпийского резерва по фехтованию»​. Датой рождения считается 1959 год.

Школа по лыжным гонкам, а ныне Государственное автономное учреждение Новосибирской области «Спортивная школа олимпийского резерва по лыжному спорту» была создана в 1967 году.

Центр спортивной подготовки Новосибирской области создан в феврале 2011 года. Основными задачами центра являются: реализация долгосрочных целевых программ развития физической культуры и спорта, организация и проведение официальных областных и межмуниципальных физкультурных и спортивных соревнований на территории Новосибирской области и многие другие. Сейчас эта организация называется Государственное автономное учреждение Новосибирской области «Дирекция спортивных мероприятий».

В 2013 году путем слияния Новосибирского биатлонного комплекса и СДЮШОР по биатлону «Локомотив» появился «Центр по биатлону», который впоследствии стал Государственным автономным учреждением Новосибирской области «Спортивная школа олимпийского резерва по биатлону».

В 2016 году появились две новые организации: ГАУ НСО «Спортивная школа единоборств» и ГАУ НСО «Спортивная школа олимпийского резерва по сноуборду».

В феврале 2017 года согласно Распоряжению правительства Новосибирской области создано Государственное автономное учреждение Новосибирской области «Спортивная школа по каратэ».

В 2018 году появились сразу три новые подведомственные организации: школы по художественной гимнастике и самбо, а также центр подготовки по спортивной гимнастике.

В 2019 году зарегистрированы школа по шахматам, а также Исполнительная дирекция молодежного Чемпионата мира по хоккею 2023 года в городе Новосибирске и «Футбольный клуб «Новосибирск».

В 2019 году путем реорганизации Детский санаторный оздоровительно-спортивный лагерь круглогодичного действия «Олимпиец», который ведет свою историю с 1967 года, был присоединен к Спортивной школе самбо.

В начале 2020 года школа олимпийского резерва по конному спорту была названа именем заслуженного тренера России Игоря Петровича Брайчева.

2020-й стал годом рождения двух новых школ. Распоряжением правительства региона созданы государственные автономные учреждения Новосибирской области «Спортивная школа по хоккею «Сибирь» и «Спортивная школа по волейболу».

Отчеты и государственные задания подведомственных министерству организаций размещены на официальном сайте о государственных (муниципальных) учреждениях.